新亚书院创立于1949年，为已故钱穆先生及一群来自内地之学者，在极艰难穷困的环境中所创办，其目的在上溯宋明书院讲学精神，旁采西欧大学导师制度，以人文主义之教育宗旨，沟通东西文化，为人类和平、社会幸福谋前途。

1949年秋，为解决战乱中滞留香港的学生就学问题，钱穆与唐君毅、张丕介等在九龙桂林街一所中学里租赁两间教室，开办一所亚洲文商专科夜校。翌年春改为日校，并易名为新亚书院。

新亚书院初建之时，校舍十分简陋。但学校教学质量较高，延请当时在港台的一些学术名流来此讲学。以后洛克菲勒基金会、英国文化协会、哈佛燕京社、香港政府等纷纷资助，书院因而无论从规模、条件上都有明显改观。

随着新亚书院与国际上的交往日益增多，其学术开始得到国际上的承认。20世纪六七十年代，新儒学的代表人物张君劢、牟宗三、徐复观等先后到此任教或讲学，他们和港台其他一些新儒家，都视新亚书院为我国儒学复兴的基地。

1964年，香港当局采用联邦制将三个私立书院：新亚书院、崇基书院、联合书院合并成香港中文大学。新亚书院成为中文大学的部分，但仍有相对的独立性。

1973年香港中文大学改为一元化集权制后，教育体制一味仿效香港大学。持人文主义教育理想的新亚书院陷入困惑，儒学大家唐君毅、牟宗三先后退休，次年他们与徐复观等人在新亚书院旧址重建新亚研究所，唐君毅继续担任所长。再创新亚中学，致力于基础教育。

新亚书院以弘扬儒学为己任，是港台新儒家最重要的活动阵地，也是我国向欧美介绍传播东方文化的重要窗口。

现在新亚书院的旧址则变成了现在的新亚中学，校长则是从新亚书院毕业的屈启秋先生。校训依然是旧校新亚书院留下的“诚明”，且仍然保留中文教学的传统。