我国儒学发展的第二个阶段，是以董仲舒、《白虎通义》为代表的两汉政治制度化和宗教化的儒学。与儒学政治制度化发展过程同时，两汉时期也出现了一股把儒学宗教化的倾向。

在董仲舒和当时流传的纬书中，不断地把“天”描绘成儒学中至高无上的神，并且竭力宣扬天是有意志的，能与人相感应的，而王者是“承天意以从事”的等一整套宗教神学理论。

孔子是儒学的创始人，自然也就成了教主。为了神化教主，在当时流传的大量纬书中，不仅把孔子说成是神的儿子，而且把他的相貌也描绘成与一般凡人极不相同的怪模样。同样，为儒家所推崇的历代圣人，如尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公等，在纬书中也统统被装扮成了与众不同的神。

同时，那些纬书都是以神话和神秘化了的阴阳五行说来附会地阐释“六经”以及《论语》、《孝经》、河图、洛书等，这些也可以视作是配合当时儒学宗教化所需要的儒教经典。

从两汉儒学发展的历史看，儒学的宗教化是与儒学的政治制度化密切相关的，是同步进行的，前者是为使后者得以成立和巩固服务的。

儒学社会政治层面功能的形成和加强，同时也就减弱了儒学作为一般伦理道德修养和政治理想层面的作用。在原始儒学那里，它是通过道德教育、理想教育去启发出人们遵守道德规范、追求理想社会的自觉。所以，儒学对于士大夫们的修身养性具有重大的意义和作用。

可是，当儒学的一些主要内容被政治制度化以后，它就成了不管你自觉与否，自愿与否，都必须遵守的外在规范，因而它的修养意义和作用就大大地被减弱了。这样，儒学制度化方面的成功，却成了它在道德修养功能方面走向衰微的契机。

到了汉末，政治制度化了的儒学礼教，一方面成为束缚和压制人的自然感情的东西；一方面又成了那些伪君子沽名钓誉的工具，因而引起了人们的强烈不满。

以致到了东晋南北朝以后，以至于隋唐时期，佛教思想的影响又超过了玄学，在士大夫的思想修养方面起着重要的作用。所以，从魏晋南北朝至隋唐五代末的约700年间，儒学只有那些体现为政治制度化方面的东西，在统治阶层的维护下继续起着作用。