汉朝灭亡以后，我国历史进入三国两晋南北朝的封建割据时代。首先是在汉魏之际，曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆为名法之治而重道德名节，从而影响了整个时代。

在思想理论上，体现道法结合的刑名之学曾一度占据主导地位。

到了魏晋之际，道法的结合逐渐趋于破裂，以道家思想为骨架的玄学思潮开始扬弃魏晋早期的名法思想，转而批评儒法之士。这样，魏初在道法结合的基础上形成和发展起来的玄学进一步得到强化。

到了西晋后期，玄学思潮同极端发展，至此，玄学所主张的放达，无论从理论上，还是从行为上，都对封建政权构成破坏瓦解的作用，故引起玄学内部及儒家学者的不满，从而掀起对道家和玄学的批判思潮。

到了东晋时期，佛教的流行，特别是佛教般若学的发展，在很大程度上是借助于道家、玄学的思想、语言及方法，故出现玄佛合流的趋向。

因此，这一时期的儒家学者，除继续批判道家、玄学外，又以儒家的入世主义和人文传统批评佛教。他们站在维护儒家名教的立场上，分别从经济、政治、思想、文化、伦理等方面清算佛教的影响，力图恢复儒学的正统地位，但都缺乏足够的理论系统和创造性。

到了南北朝时期，在我国思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛、道两教继续发展。

佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面，儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。

儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。

尽管魏晋南北朝时期我国文化的发展趋于复杂化，但儒学不但没有中断，相反，却有较大发展。这一时期，孔子的地位及其学说经过玄、佛、道的猛烈冲击，脱去了由于两汉造神运动所添加的神秘成分和神学外衣，开始表现出更加旺盛的生命力。

就魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。

他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。

此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒不始终处于正统地位，佛、道两教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。