科举制度是古代王朝的一种读书为官制度，而科举又多以儒学经典为主，因此，科举的实行对儒学影响很大。

元代的科举制度基本沿袭宋代，用“经义”、“经疑”为题述文。在元代科举考试的内容和标准方面，程朱理学取得了科举考试的正统地位。

元代规定，考生答题时，《诗经》采朱注，《尚书》用朱熹门人蔡沈之说，《周易》主程朱之说，《春秋》用程颐私淑弟子胡安国作的传。除《诗》、《书》、《易》三经允许兼用古注疏，《春秋》许用三传，《礼记》用古疏外，其他儒家经典一律以程朱理学的阐发为主。

由于科举考试的导向，儒家教育的内容越来越狭窄，束缚了人们的聪明才智，压抑了思想的自由，阻碍了教育与学术的发展。

同时，蒙古人不着重开科取仕，灭宋后一度不举办科举，至元仁宗延祐二年才再次开办。元代科举只考一科，但分成左右榜。

右榜供蒙古人、色目人应考；乡试时只考两场，要求相对较简单。左榜供汉人、南人应考，乡试时考三场，要求相对较严格。乡试、会试考获名单俱按种族分配。

元朝自仁宗至顺帝时灭亡止，科举时办时废，共举办过16次，取士1000余人。但元科举所选人材通常并没有受到足够的重视，在元政府中产生的影响也不大。元代对科举的种种限制和不重视，对儒学发展也产生了一些消极一些。