明代又是儒学发展的一个重大转折期。明朝初年，朱元璋建立天下后，继续推行儒学，规定以八股取士。在意识形态上，把朱熹理学作为理论基础。这使程朱理学得到了一定的发展。

明朝中期以后，学术思想开始转向，阳明心学开始崛起。当时以王阳明为中心，提出了“格物论”、“心即理”、“知行合一”和“致良知”等理论，建立了心学体系，形成了阳明学派。

明朝后期，宋明理学开始式微。然而在没有新的思想资源作凭借的历史条件下，思想家们的思考只能在旧有的范围内打转。

于是在晚明思想界所涌现的清流运动，所反对的只能是逐步变质的宋明理学，所呼唤的也只能是儒家的早期精神。他们的表现形式虽与异端思想家有别，然其思维趋势则殊途而同归，所期望的都是要重建儒家精神。

当时清流运动主要以东林书院为中心。东林书院由顾宪成、高攀龙等人创建。他们在学术思想上一般认为程朱、陆王之学均有流弊，然两害相权取其轻，大体以程朱之学为宗，批评陆王心学尤其是王学末流谈空说玄、引儒入禅的学风，提倡治国救世的务实之学。

这批清流思想家出于对王学末流的不满，他们在向被王学所否定的朱学寻求思想资源的同时，实际上也不能不承认朱学的内在缺陷。他们一方面呼唤向朱学复归，另一方面也试图寻求超越朱学，向早期儒学复归，以重建儒家思想新体系。

正当晚明思想界的清流们热衷于重建儒家思想新体系，李贽等思想异端拼命攻击宋明理学正统的时候，从西方吹来了一股清新的风，那就是西学的东渐。

西学东渐不仅是我国文化史上的一件大事，而且对儒家思想的发展和演变具有至关重要的意义。在某种程度上说，它既启发了晚明的异端思想家，同时也为儒学思想体系的重建提供了新的思想资源。