秦王朝完成了中国的大一统，统一了文字，又将以儒生为主体的70多位博士汇聚到咸阳的宫廷，大大便利了各种思想文化的交流和儒学的传播。

然而，由于秦王朝力图以法家思想为主轴实现对思想文化的整合，并不惜以“焚书坑儒”的惨烈手段打击法家以外的其他思想学术流派。由此大大激化了秦王朝与广大知识阶层的矛盾，成为它灭亡的原因之一。

秦末汉初，刘邦打着“反无道、诛暴秦”的旗号推翻了秦朝，其在文化上的意义是对法家思想的一次大批判，由此迎来了西汉初年一度活跃。

除了墨家以外，先秦时期的思想学术流派都有代表人物出来活动。它们一方面互相斗争，一方面又吸收对方的理念与方法，并按照社会的需要进行自我改造。

刘邦对各种思想采取实用主义态度，西汉开国功臣曹参等人则在刘邦死后将黄老思想推尊为政治上的指导原则。此时的黄老尽管打着黄帝与老子的旗号，但实际上是老子学说在吸收法家、儒家思想后创立的新道家。

在此过程中，儒家思想则在自我改造的过程中广泛吸收法家、墨家、道家、名家、阴阳家的学说，实现了不同学派的新的整合。

经西汉一位与时俱进的思想家，儒学家，西汉时期著名的唯心主义哲学家和今文经学大师董仲舒之手，将先秦儒学推进到一个新阶段，从而为汉代统治者提供了可以替代黄老思想的新的思想武器，汉武帝实行“罢黜百家，独尊儒术”的政策以后，大大加速了儒学传播的步伐。

与儒学政治制度化发展过程的同时，两汉时期也出现了一股把儒学宗教化的倾向。在董仲舒和当时流传的纬书中，不断地把“天”描绘成儒学中至高无上的神。

如董仲舒说：“天者，百神之大君也。”，并且竭力宣扬天是有意志的，能与人相感应的，而王者是“承天意以从事”的等一整套宗教神学理论。